2025-04-01 13:45:00
ActualitéIA.com a eu l’opportunité d’interviewer Mohammad Aklaq, un expert chez LabGenius Therapeutics, sur la manière dont l’automatisation et l’intelligence artificielle révolutionnent la découverte d’anticorps complexes, suite à l’expansion récente de leur plateforme EVA™.
Les enjeux du rôle de Mohammad Aklaq chez LabGenius Therapeutics
En tant que responsable de l’automatisation chez LabGenius Therapeutics, Mohammad Aklaq concentre ses efforts sur l’application de son expertise en automatisation et en développement d’essais pour optimiser le rendement expérimental tout en garantissant la qualité des données recueillies.
Cette quête d’excellence est stimulante, car les données pertinentes liées aux maladies alimentent le processus d’apprentissage actif de l’entreprise. Plus LabGenius génère de données expérimentales, plus son processus de découverte d’anticorps, facilitée par l’apprentissage automatique, devient robuste.
Une plateforme EVA™ enrichie pour des découvertes révolutionnaires
La plateforme EVA™ fusionne apprentissage actif et dépistage fonctionnel automatisé dans un circuit fermé, évitant ainsi majoritairement les biais humains. Cette méthode permet d’explorer de vastes territoires de conception d’anticorps et d’atteindre des molécules à haute performance, souvent avec des conceptions non intuitives.
Avec l’expansion récente, LabGenius a automatisé davantage d’étapes en laboratoire, ce qui a permis de produire et de purifier un nombre croissant d’anticorps multispecifiques et multivalents, tout en évaluant leurs caractéristiques à l’aide d’essais cellulaires pertinents sur le plan des maladies.
Cette avancée technologique permet, en six semaines, de concevoir, produire dans des cellules mammifères, purifier et caractériser jusqu’à 2 300 anticorps. LabGenius est convaincu que cette capacité est inégalée dans le secteur.
Trois fois plus de rendement grâce à des améliorations techniques
La collaboration avec Beckman Coulter, en tant que partenaire d’intégration privilégié, a été essentielle dans cette démarche. Intégrer plus de 33 dispositifs sur une plateforme unique représente un défi considérable.
Ce partenariat a permis de créer un flux de travail complexe en biologie moléculaire, offrant un ADN purifié et vérifié par séquençage, prêt pour la transfection dans les cellules mammifères.
L’utilisation de grands contenants de laboratoire et d’une capacité de stockage des réactifs, combinée à des technologies modernes de manipulation liquide automatiques — telles que la distribution acoustique Echo et le robot de manipulation liquide Biomek i7 — nous donne la possibilité d’opérer presque 24 heures sur 24, 7 jours sur 7.
L’effet des données sur le processus de découverte assisté par machine learning
Augmenter le rendement expérimental renforce directement le processus de découverte basé sur l’intelligence artificielle. Plus la diversité des conceptions d’anticorps est évaluée en laboratoire, plus les modèles peuvent être alimentés en données de qualité. Cela améliore non seulement la précision des modèles, mais élargit également l’espace de conception que l’on peut explorer in silico, essentiel pour mettre en lumière les molécules à haute performance qui ont des conceptions non évidentes.
Il existe fréquemment peu de liens évidents entre la conception d’une molécule et sa fonction, ce qui signifie que certaines des meilleures molécules n’auraient pas pu être découvertes par des ingénieurs en protéine humains.
S’assurer de la qualité des données malgré l’augmentation du débit
Avec une augmentation du débit expérimental, il est impératif de maintenir l’intégrité des données collectées. LabGenius y parvient en automatisant non seulement les centaines d’étapes expérimentales mais aussi les étapes computationnelles entourant le processus. Toutes les données expérimentales sont automatiquement chargées dans le cloud et traitées par des pipelines de données conçus sur mesure, visant à garantir la qualité, la normalisation et l’ajustement des courbes.
Cette automatisation réduit le risque d’erreurs humaines et permet aux scientifiques de se concentrer sur des travaux expérimentaux plus productifs.
Optimisation des programmes de découverte d’anticorps en parallèle
Avec l’augmentation de la capacité, LabGenius peut désormais gérer plusieurs programmes de découverte d’anticorps simultanément, ce qui accélère le développement potentiel de nouveaux traitements. Bien que la plateforme EVA™ soit agnostique en ce qui concerne la modalité et le format, elle se concentre sur le développement d’anticorps améliorés en sélectivité pour le traitement des tumeurs solides. Cette faculté de mener de multiples programmes d’optimisation permet à LabGenius de collaborer avec des partenaires pharmaceutiques tout en avançant dans ses propres projets.
Les défis de l’expansion et les solutions trouvées
La mise en place d’une plateforme aussi sophistiquée n’est pas sans défis. Le principal obstacle a été d’assurer à la fois la résistance mécanique et biologique du système. La collaboration étroite avec les équipes de Beckman Coulter a permis de réaliser des tests rigoureux pour garantir des résultats reproductibles.
Un autre défi majeur fut l’automatisation du processus de picking de colonies, en utilisant le système d’imagerie Amplius et le robot Biomek i7. La capacité de sélectionner avec précision et efficacité les colonies imprimées par l’Echo a été améliorée grâce à un excellent soutien en matière de script fourni par l’équipe d’applications de Beckman. Cela a permis d’achever le processus de biologie moléculaire en 7 jours pour 2 300 conceptions.
Vers un avenir innovant : automatisation et découverte d’anticorps
À l’avenir, alors que la complexité des anticorps augmente, la relation entre leur conception et leur fonction deviendra encore moins intuitive. Les données de caractérisation à haut débit, combinées à l’intelligence artificielle, permettent d’optimiser conjointement ces nouveaux formats d’anticorps multivalents et multis spécifiques, établissant ainsi de nouveaux standards de sécurité et d’efficacité.
Nouvelles innovations prévues dans le pipeline de LabGenius
LabGenius est enthousiaste à l’idée de ses anticorps qui ciblent la toxicité présente en situation d’« on-target, off-tumour », problème souvent lié aux thérapies anticancéreuses actuelles. En utilisant la sélectivité basée sur l’affinité, les anticorps du pipeline peuvent différencier les cellules saines des cellules malades en se fondant sur l’expression différentielle du TAA.
Contrairement aux méthodes conventionnelles qui n’offrent qu’une légère amélioration de la fenêtre thérapeutique, l’approche de LabGenius permet d’obtenir une sélectivité totale entre destruction des cellules cibles et protection des cellules saines.
Perspectives sur l’évolution de la plateforme EVA
LabGenius s’engage à poursuivre les améliorations et à rester à la pointe des innovations scientifiques. Le prochain objectif vise à intégrer des conceptions d’anticorps de plus en plus sophistiquées, avec un accent sur les anticorps tri- et tétra-spécifiques dotés de modes d’action complexes.
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À propos de Mohammad Akhlaq
Mohammad Akhlaq est à la tête de l’automatisation chez LabGenius. Il dirige une équipe de scientifiques spécialisés dans le développement de processus d’automatisation en laboratoire et robotiques de précision.
Avant de rejoindre LabGenius, il a travaillé chez Charles River, où il a mené des projets de développement et d’automatisation d’essais complexes. Il a également passé 23 ans chez Novartis, à perfectionner des méthodes de dépistage à haut débit.
